Het gebruik van zebravissen als proefdier wordt steeds populairder in medisch onderzoek. Tot nu toe was het moeilijk om verkregen data uit te wisselen. Onderzoekers van het LUMC stelden de eerste officiële ‘spectrale bibliotheek’ op, waarmee de bestudering van infectieziekten en kanker wordt vereenvoudigd.

De zebravis wordt al lange tijd gebruikt als modelorganisme voor genetisch onderzoek van menselijke aandoeningen. Hij geldt als veelbelovend alternatief proefdier, omdat hij goedkoper is te onderhouden dan veel andere proefdieren en zich snel voortplant. Het genoom van de vis komt voor meer dan 90 procent overeen met dat van de mens. Nog een voordeel van de zebravis is dat het relatief gemakkelijk is om veranderingen aan te brengen in zijn DNA. Met behulp van genetische modificatie zijn al veel ziektemodellen ontwikkeld. 

Eiwitonderzoek

Onderzoekers van het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC) stelden zich tot doel om bio-informatica te ontwikkelen voor de zebravis. Daarbij wordt informatica toegepast op biologische data. De onderzoekers wilden het modelsysteem van de zebravis toegankelijk maken voor eiwitonderzoek, waarbij complexe bewegingen van moleculen in het eiwit (ook wel massaspectra genoemd) nauwkeurig bekeken kunnen worden. Zij ontwikkelden protocollen voor experimenten en data-analyse voor eiwitonderzoek bij de zebravis. Aan de hand daarvan zouden de verkregen data uit zebravissen op dezelfde manier geanalyseerd kunnen worden als data afkomstig van veelgebruikte proefdieren, zoals muizen.

Spectrale bibliotheek

Daarnaast zetten de onderzoekers een spectrale bibliotheek op, een database met biochemische identificaties en standaarden voor kwantitatief eiwitonderzoek, die kunnen worden gebruikt bij de bestudering van infectieziekten en kanker. Aan de hand daarvan ontwikkelden zij een methode om data van zebravissen te vergelijken met andere modelsystemen, gebruikmakend van anatomische eigenschappen op zowel celniveau als van het hele organisme. De database is inmiddels benoemd tot de officiële bibliotheek van het National Institute of Standards and Technology (NIST) in de Verenigde Staten voor zebravis. 

Karpers

Aan de hand van de onderzoeksresultaten hebben de onderzoekers ook bio-informatica ontwikkeld voor een verwant modelsysteem voor karpers, een veelbelovend modelsysteem voor de toekomst. Er zijn samenwerkingsverbanden tot stand gekomen met onder andere het RIKILT (voedselveiligheid) in Wageningen en onderzoeksgroepen in België, Denemarken, Noorwegen en Zweden. 


Project: An Integrated Approach to Molecular Characterization of Zebrafish as a Biomedical Model (geen website beschikbaar ivm patentbescherming)
Projectleider: Magnus Palmblad, LUMC, Center for Proteomics and Metabolomics
Programma: Vidi, projectnummer 91711398 
 

Naar boven
Direct naar: NavigatieDirect naar: InhoudDirect naar: Onderkant website